Baena sinh ra ở Roquetas de Mar, Almería, Andalusia và gia nhập đội bóng trẻ Villarreal CF vào năm 2011, từ CD Roquetas.[1][2] Anh đã có trận ra mắt với đội bóng C vào ngày 21 tháng 12 năm 2018, vào sân thay người ở hiệp hai trong chiến thắng 2–0 trên sân nhà trước UD Rayo Ibense tại Tercera División.[3]

Trước mùa giải 2019–20, Baena được giao cho đội B ở Segunda División B và ra mắt đội bóng trong chiến thắng 3–0 trước UE Llagostera vào ngày 14 tháng 9 năm 2019.[4] Ngày 13 tháng 7 năm 2020, anh có trận ra mắt đội một Villarreal tại La Liga, vào sân từ băng ghế dự bị thay cho Manu Trigueros trong trận thua 1–2 trên sân nhà trước Real Sociedad.[5]

Ngày 5 tháng 11 năm 2020, Baena ghi bàn thắng đầu tiên trong sự nghiệp là bàn thắng thứ ba cho Villarreal trong chiến thắng 4–0 trên sân nhà trước Maccabi Tel Aviv FC tại UEFA Europa League.[6] Bảy ngày sau, anh gia hạn hợp đồng đến năm 2025.[7]

Ngày 19 tháng 8 năm 2021, Baena chuyển đến câu lạc bộ Girona FC ở Segunda División theo dạng cho mượn một năm.[8] Anh đã trở lại Villarrael khi đá chính trong trận gặp Real Valladolid vào ngày 13 tháng 8 năm 2022, ghi một cú đúp giúp đội bóng giành chiến thắng 3–0.

Ngày 26 tháng 8 năm 2022, Baena cùng đồng đội Nicolas Jackson được đôn lên đội hình chính.[9]